Емил Попгенчев е роден на 16.02.1942 година в град Габрово. Завършва Националната художествена академия "Николай Павлович", специалност "Декоративно-монументална живопис" (1967 г.) Работи в областта на живописта и декоративно-монументалните изкуства. Член на Съюза на българските художници (1973 г.)
Участва в общи и представителни изложби на изящните изкуства в България и в чужбина (Австрия, Англия, Германия, Египет, Италия, Мексико, Монголия, Полша, Румъния, Русия, Сърбия, Франция).
Негови творби са в колекциите на Националната художествена галерия - гр. София, Софийска градска художествена галерия и на редица художествени галерии у нас и в чужбина, както и на частни колекции в България, Франция, Германия, Швеция, Австрия, Сърбия, Англия.
Негови монументални творби - стенописи, каменна пластика, дърворезба, керамика, мозайки, сграфито, са създадени в много градове на страната.
Единственият съвременен български художник, който изгражда цялостното си творчество в стилистиката на кубизма и постиженията му получават международно признание. Така през 1995 г. известната френска аукционна къща ДРУО продава всички представени картини на Емил, което е прецедент за български творец.
Творческият му път започва от Габрово (1967 г.). Участва в Международното биенале на хумора и сатирата в изкуствата (1983, 1987, 1989, 1991, 1995, 1999, 2001) и е награждаван за постиженията си (1987,1999), а през 2001 г. е удостоен с наградата „Гаскар"на град Габрово.
Емил Попгенчев е най-големият дарител на Музея „Дом на хумора и сатирата" - 43 живописни платна. Негова е композицията на западната фасада на ДХС, също дар за габровци (2003). Според специалистите това е най-известното в България монументално декоративно пано.
В момента в зала 3 на „Дом на хумора и сатирата" в представителната изложба „Габровският принос" могат да се видят две негови платна от цикъла „Източен свят".
