Магистърските програми са с различна семестриалност, в зависимост от завършеното висше образование по специалност и професионално направление, определено от съответните факултетски съвети.
Справочникът “Магистърски програми и продължаващо обучение - 2008/2009 “, освен магистърските програми и програмите за продължаващо обучение, включва информация за правилата за прием, условията за кандидатстване, сроковете и формите на обучение, както и квалификационните характеристики на всички специалности.
Според доц. Мадгерова, зам.- ректор на университета, е нараснал интересът към магистърските програми в ЮЗУ “Неофит Рилски” и сред чуждестранните студенти от съседните балкански държави - Македония и Гърция, както и от Украйна и Молдова. Статистиката сочи, че най-голям е интересът към магистърските програми по специалностите „Психология”, „Информатика”, „Международни отношения”, „Английска филология”, „Стопанско управление”, „Финанси” и „ Туризъм”.
