30 служители на НАП в Стара Загора отбелязват своя 20-годишен трудов опит в деня на професионалния празник на Приходната агенция - "Свети Матей Митар".
Като самостоятелна структура данъчната администрация започва да функционира през 1991 г. след обнародването на две постановления на МС. С тях се обособяват териториалните данъчни управления, данъчните служби и данъчните бюра и се определя числеността на администрацията. През 1993 г. се приемат устройственият и процесуалният закон - Законът за данъчната администрация и Законът за данъчното производство. От 2000 г. влиза в сила Данъчният процесуален кодекс, който въвежда функционална структура на данъчната администрация. Отново през март 2000г. стартира проект за изграждане на Национална агенция за приходите (НАП), която да интегрира функциите на данъчната администрация (ДА) и функциите по събиране на осигурителни вноски на Националния осигурителен институт (НОИ).
На 18 юни 2003 г. е сключено заемно споразумение между РБългария и Международната банка за възстановяване и развитие, което е ратифицирано от Народното събрание на РБългария със закон, приет на 16 юли 2003 г. От 1 януари 2006 г. НАП започва реално да функционира, като обединява събирането и обслужването на републиканските данъци (данък върху доходите, патентни данъци, ДДС, корпоративни данъци) и задължителните осигурителни вноски (здравни, вноските за пенсия, вноските за допълнително задължително пенсионно осигуряване и др.). Администрирането на акцизите преминава в правомощията на Агенция Митници от средата на годината.
От началото на 2010 г. в НАП се влива и Агенцията за държавни вземания. С тази промяна приходната агенция започва да събира всички публични и частни държавни вземания. НАП поема и задълженията да представлява държавата в производствата по несъстоятелност.