Със заповед от 1 септември 2009 година Министерството на физическото възпитание и спорта съкращава длъжността главен експерт и областен представител в Старозагорска област и съответно прекратява служебните си правоотношения със Стефан Желев. Това стана ясно по време на брифинг, свикан от Стефан Желев, който категорично заяви, че не приема това решение и все още не е подписал заповедта.
„Изпратих изложение до министър Свилен Нейков, в което го запознавам с причините, поради които не съм съгласен с издадената заповед. Стара Загора заслужава да има главен експерт по много причини, сред които многобройните спортни клубове , наличието на Спортно училище и безспорните успехи на спортистите от областта. Това обаче явно не се взема предвид. Неудобен съм, затова искат да ме отстранят”, каза още Стефан Желев.
Според отговора на министър Нейков един от мотивите да бъде съкратена длъжността в Старозагорска област са предприетите структурни промени, свързани с намаляване броя на служителите в Министерството на физическото възпитание и спорта, броя на офисите и броя на експертите на административните области. Заради съкращенията останалите експерти ще отговарят за повече от една област. Разпределението на офисите е извършено, съобразно териториалният обхват на шестте обособени райони, посочени в Закона за Регионалното развитие. Град Стара Загора е в югоизточен район, включващ областите Бургас, Сливен, Стара Загора и Ямбол. В този район ще има два офиса на министерството с по един главен експерт - за областите Бургас и Ямбол със седалище в Бургас и за областите Стара Загора и Сливен със седалище в Сливен.
Стефан Желев е потърсил съдействие от областния управител на Стара Загора Йордан Николов и от депутата на ГЕРБ Недялко Недялков. Той се закани да пренесе проблема в съда, тъй като не са ясни критериите, по които са избирани областите, в които ще има седалища на министерството.
