За първи път ще бъдат показани уникални църковни одежди и принадлежности. Голяма част от досегашните експонати са реставрирани и консервирани, включително и глаголически лист от 12 век, турски султански фермани за признаване на собственост и привилегии на манастира, ръкописи и старопечатни книги от 12 до 19 век, плащеница – дар от молдовския княз Йоан Богдан Войвода от 1511 година, златотъкани плащеници от 19 век – подаръци от руски манастири и много други.
Емблематичният за манастира Рафаилов кръст с дърворезба от началото на 19 век е показан по нов начин във витрина с постамент от негорима и водоустойчива материя и с бронирани стъкла. Запазено е и специалното място на Хрисовула /дарствената грамота/ на цар Иван Шишман от 1378 г., с който дарява земи и гори на манастира, за да може да се издържа.
Подменени са изцяло електрическата, климатичната и сигнално-охранителната инсталации, както и осветлението, настилките и витрините. Поставени са камери за видео-наблюдение. Ремонтът е извършен изцяло със собствени средства на Рилската Света обител, които са събрани от продажбата на билети за музея. Музеят работи всеки ден без почивка от 8,30 до 16,30 ч. Посетителите през 2006 година бяха около 70 хиляди души. В музея работят 8 души. Манастирът е включен във всички основни туристически маршрути в България. Рилският манастир е паметник на културата от национално и световно значение, включен е в списъка на 100-те национални туристически обекти и в списъка на паметниците на културата на ЮНЕСКО. Музейната сбирка на Рилската Света обител има повече от 100-годишна история, описана в приложената към това съобщение кратка хронологична справка. За откриването на обновения музей са поканени патриархът, министърът на културата, областният управител на Кюстендилска област, директорите на местните музеи, кметове от региона. Кратка хронологична справка За създаването на музей в Рилския манастир 1. В първата цялостна печатна история на манастира, чийто автор е отец Неофит Рилски, се споменава, че в манастира не са запазени много древни драгоценни утвари поради многократното му разоряване и опустошаване, но макар и малочислени, има „драгоценности, достойни за велико внимание и уважение”. По-нататък той ги изброява подробно, но никъде не споменава, че те са събрани на едно място, за да се показват на поклонниците. /Йером. Неофит Рилец. Описание болгарского священнага монастыря рилскаго. С., 1879. с. 93 и сл./. 2. През 1891 е отпечатан първият пътеводител за Рилския манастир. В него е посочено местонахождението на манастирската библиотека, но тя е наречена Библиотека – ризница. Описани са съхранявани в нея ръкописи, хрисовула, покрови, одежди, утвари, т.е. всички ценности са събрани на едно място, „което непременно трябва всеки един поклонник да посети и да види”. Рилската библиотека всъщност е изпълнявала ролята на ризница и е съхранявала първата „музейна” сбирка на манастира. /Пътеводител на Рилский манастир. С., 1891 г./ 3. Около 1900 г. Библиотеката – ризница е преместена в бившата трапезария /сега в нея е експозицията „Икони от Рилския манастир”/. За това свидетелства Евтим Спространов, пристигнал по това време да направи опис на ръкописите в манастирската библиотека. Той пише: „По-преди библиотеката се поместяше в една тъмна, почти подземна стая под игуменарията. Сега е поместена в старата трапезария на южната страна. Стаята е широка и светла. В хубави шкафове са наредени книгите, а в средата, в нарочно направени такива с джамове отгоре, са наредени други църковни предмети. Изобщо тоя великолепен салон представя от себе си половин църковен музей, половин библиотека”. /Е. Спространов. Рилски манастир. Бележки и впечатления. – Ц. В., г. ІІ, 1901 г., бр. 1 от 11.ІV., с. 5 - 6/. В 1903 г. архимандрит Доситей Ковачев, учител и библиотекар в манастира, подрежда музейната експозиция във вид, който се запазва 1. До национализацията на Светата обител през 1961 г. (Архим. Климент Рилец, Биографии към братския албум на Рилската Света обител. Машинопис. РМ., 1981 г., с. 30). 2. През 1911 г. архим. Доситей Ковачев публикува книгата си „Описание на Светите мощи и други скъпоценни старини, намиращи се в Българ. Рилски манастир”. Пд., 1911. Това е и първият подробен каталог на част от музейните ценности, който има научна стойност. 3. От 1965 г. музеят в Рилския манастир се помещава в новопостроената част от Източното манастирско крило. Експозицията подробно е описана в пътеводителя „Рилският манастир” от Анчо Анчев, издаден през 1979 г. В средата на 80-те години е извършено частично подновяване на експозицията. След възстановяване на монашеския статут на Рилския манастир също са направени частични промени и в този си вид музейната експозиция съществува до есента на 2006 г. 4. На 23 юни 2007 г. музеят се открива след основен ремонт, започнал на 1 ноември 2006 г.