Най-ранните скални изсичания в България от късния енеолит разкриха археолози от екипа на Николай Овчаров. Става дума за жилище отпреди 6500 години. За първи път находката потвърждава отдавна битуващата теза в археологията, че на това място е имало живот и преди траките, по време на късната каменно-медната епоха. Днес бе открита и острие на култова нефритена брадвичка - също от края на каменно-медната епоха, късния енеолит.
В близост до жилището е разкопано и съоръжение от бронзовата епоха отпреди 3000 години, като най-вероятно става дума за култов олтар. То е съоръжение от типа кромлех - умален модел на Стоунхендж или на този в Горни Главанак. В него са намерени култови прешлени за вретено.
„Досега имаше материали, на които попадахме - главно керамика, но те се откриваха в пукнатините или в случайни пластове от други епохи. Сега вече със сигурност знаем, че Перперикон е бил обитаем през каменно-медната епоха, защото вече е открита цяла жилищна конструкция", каза пред журналисти доц. Явор Бояджиев. По думите му сградата най-вероятно е била издялана с рогове, каквито аналози има и на други места.
Според доц. Бояджиев в късния енеолит тук са живели хора от една цивилизация, достигнала своя връх и след това унищожена. Около 4200-а година преди новата ера, започва нашествие на степни племена от северо-изток. Тяхното предимство било, че познават коня и на тази база успяват да надделеят чисто военно. Изтласкват местното население във високи, укрепени места, каквото представлява и Перперикон. Идвайки тук местните хора си правят селище за живеене, което не изключва и наличието на култови обекти, разказа доц. Бояджиев.