В Екомузея ще се състои официалното представяне на интериора на аквариумните резервоари. В Екомузея се намира най-големият сладководен аквариум в България, който представя рибното разнообразие на река Дунав и на вливащите се в нея реки. Общият обем на аквариума е 65 тона вода. Разделен е на 6 отделни резервоара, всеки с вместимост от 5 до 8 тона вода. В него се показва не само как изглежда тяхното местообитание в природата, но и човешката намеса в тяхната среда – представена е потънала рибарска лодка в два от резервоарите.
В аквариума живеят 12 вида риби – есетра, сом, скобар, моронаж, див шаран, червеноперка, бабушка, платика и каракуда. Най-интересните сред тях са Руска есетра и Чига, които са взети от развъдници. Те са настанени в резервоар, показващ потънала римска сграда с артефакти от римско време - вижда се римска крепостна стена, амфори и мраморна глава от статуя. Други интересни видове, населяващи аквариума, са 10 бели риби, настанени в резервоар, който напомня дъното на река Дунав с множество преплетени коренища.
В Екомузей с аквариум е създаден и терариум, който пресъздава блатна екосистема с водна площ и естествени растения, характерни за влажните зони. В него живеят червенобузи костенурки, които са предоставени за отглеждане от хора, които не искат или нямат възможност да се грижат вече за тях като домашни любимци. Тъй като червенобузите костенурки не са типични за нашите географски ширини, за тях и за природата е по-добре да не бъдат пускани на свобода. Всеки, който има червнобуза костенурка и няма възможност да я отглежда повече може да я остави в музея. А друг, който желае може да я осинови.
