Съществува противоречие за действителните причини за смъртта на Бхуто. Пакистанското правителство уверява, че тя е загинала от фрактура на черепа, след като ударила главата си в ръчката за отваряне на покрива на колата си, докато се опитвала да избегне куршумите на самоубиеца-камикадзе или заради ударната вълна от експлозията.
Според Скотланд Ярд обаче именно ударната вълна е причинила удара и предизвиканата от него фрактурата на черепа, пише „Таймс“. Партията на Бхуто твърди, че тя е била убита с куршум в главата. Телевизията показа кадри, в които се вижда, че неизвестно лице открива огън по Беназир Бхуто, след което същото лице или негов съучастник се взривява, като убива още 23 души. Скотланд Ярд заключава, че стрелецът и самоубиецът-камкадзе са едно и също лице.