Омония Никозия е основан през 1948 година, когато е поставено началото и на противника му във втория квалификационен кръг на Купата на УЕФА ЦСКА.
Клубът става член на Кипърския футболен съюз през 1953 година, като освен футбол се развиват и спортове като баскетбол, волейбол, футзал, колоездене и други.
Омония е 19-кратен шампион на Кипър, като последната титла на тима е от 2003 година. Последните спечелени трофеи са Купата на Кипър и Купата на Футболната федерация през 2005 година. През последния сезон отбора завършва на второ място в първенството.
Титулярният екип на Омония е изцяло бял, а резервният изцяло зелен.
Отборът играе своите срещи на стадион Нео ГПС в Никозия, който е с капацитет по-голям от Българска армия – 23 404 зрители.
Старши треньор на Омония е Драгомир Окука, а в тима се открояват имената на македонецът Влатко Гроздановкия, португалецът Рикардо Соуса, бразилецът Гилерме и гъркът Ставрос Циорциопулос.
С историята на Омония се свързват имената на легенди на българския футбол и на ЦСКА. Начело на тима са били Аспарух Никодимов и Атанас Драмов. Фланелката на кипърците са носили Спас Джевизов, Емил Спасов, Петьр Зехтински, Венци Арсов и Трайчо Соколов.
