След православните религиозни водачи и мюсюлманският отрече принадлежност към Държавна сигурност. Сред среща с имами от Разградско главният мюфтия Мустафа Алиш Хаджи категорично обяви, че не е работил за Службите и отбеляза датата, на която според документите от Комисията по досиетата е станал агент - тя е 4 дни след падането на Тодор Живков от власт.
Мустафа Хаджи призна, че е привикван от милицията, но не за да го вербуват, а за да го плашат със съд заради това, че се обучавал, а после и тайно преподавал ислям, извършвал също и религиозни обреди. Това ставало вечер и през почивните дни, докато учел в Техникум по горско стопанство във Велинград, работел на каскадата Белмекен - Сестримо и в сушилня.
Около т.нар. Голяма екскурзия през 1989 г. срещите с органите на реда спрели.
„Аз не съм работил за Държавна сигурност и моето име за пръв път излезе 2006 г. и го повтарям сега, което казах и тогава. Според това, което се афишира в медийното пространство, моята принадлежност започва от 14 ноември, след като е паднало комунистическото правителство. Аз пред себе си съм чист, моята съвест е спокойна, но това, че някой хора ще го използват, приемам по нормален начин такава провокация, защото през последните 2-3 години на доста провокации бяхме свидетели, не ме притеснява това, отношението на мюсюлманите към мен не се е променило", заяви Мустафа Хаджи.
Главният мюфтия обяви, че е склонен да даде прошка на тези, които наистина са били агенти. Призова и хората помежду си да си простят: „История е това, да не се повтаря трябва, а не да търсим мъст".
11 от 15-те митрополити от Светия Синод на Българската православна църква са били сътрудници на бившата Държавна сигурност. Това обяви Комисията по досиетата. В списъка на сътрудниците на бившите тоталитарни служби фигурира и името на главния мюфтия Мустафа Хаджи. Той е работил под агентурното име Андрей. Общо седем висши мюсюлмански духовници са работили за бившите комунистически служби.
Епископът на Софийско-Пловдивската епархия Георги Йовчев пък е бил познат в комунистическите служби като агент Петър. Той е бил вербуван през 1987 г., а година след това е бил ръкоположен за епископ. Проверката на комисията по досиетата засега не е открила други католически духовници, които са били сътрудници на Държавна сигурност.
