Европейската комисия представлява интересите на Съюза. Тя също е създадена с основните договори през 50-те години.
Председателят и членовете на Комисията се назначават в рамките на 6 месеца след избирането на новия Европейски парламент от националните правителства с мандат от 5 години и с одобрението на евродепутатите. Мандатът на сегашната Комисия с председател португалеца Жозе Мануел Дурау Барозу изтича на 31 октомври 2009 г. Настоящата Европейска комисия има 27 члена по един от всяка държава. През 2007 година Меглена Кунева стана първият български еврокомисар. Тя отговаря за защитата на потребителите.
Комисията е политически отговорна пред Европейския парламент, който има право да поиска освобождаването й. Отделни членове на Комисията могат да подадат оставка по искане на председателя и с одобрението на останалите членове. Комисията е представена на всички заседания на ЕП, където е длъжна да обяснява и обосновава действията си. Комисията редовно отговаря на писмени и устни въпроси на евродепутатите.
Комисията предлага законодателство пред ЕП и Съвета. Освен това тя
прилага законодателството, свързано с бюджета и програмите на ЕС. ЕК защитава основните договори на ЕС и заедно със Съда на ЕС осигуряване на прилагането им
представителство на ЕС на международно ниво и договаряне на международни споразумения, предимно в областта на търговията и сътрудничеството
Персоналът на ЕК е организиран в генерални дирекции и служби (например Юридическа служба). Всяка генерална дирекция отговаря за отделна област и се оглавява от генерален директор, пряко подчинен на съответния комисар. Координацията на различните звена се осъществява от Генералния секретариат, който подготвя и седмичните срещи на колегията. Той се оглавява от Генерален директор, пряко подчинен на председателя на Комисията.
Генералните дирекции са мястото, където всъщност се изработват текстовете на проектите за законодателство на ЕС. За да станат истински законопроекти, тези текстове трябва да бъдат одобрени с просто мнозинство (50%+1 гласа) от Комисията.
Комисията заседава веднъж седмично, обикновено в сряда. Всяка точка от дневния ред се представя от комисаря, отговарящ за съответната област, но решенията се вземат от цялата колегия.
Всекидневната работа в Комисията се изпълнява от нейните административни служители, експерти, преводачи и помощен офис персонал, общо около 25 000 души. Въпреки че числото е внушително, в действителност то е по-малко от персонала, работещ в която и да е средно голяма община в Европа.
Седалището на ЕК е в Брюксел, но тя има офиси в Люксембург, представителства във всички страни членки на ЕС и делегации в над 100 държави по света.
