Архитектурният комплекс „Музей на религиите" в Стара Загора да запази статута си на уникална музейна експозиция - паметник на етническата, верската и културната толерантност. За това настояват от регионалния исторически музей в Стара Загора.
В разпространено до медиите становище от музея припомнят, че получилият гражданственост Архитектурен комплекс „Музей на религиите" е уникално култово място в центъра на Стара Загора, почитано като свещено през различни исторически епохи. Проведените археологически проучвания разкриха невероятно наслагване на религиозни практики, извършвани в границите на комплекса: останки от култова яма от началото на ранножелязната епоха (Х-ІХ в. пр. Хр.), езическо светилище, посветено на тракийския конник (ІІ-ІІІ в.), средновековна християнска гробищна църква (края на Х-ХІІІ в.) и мюсюлмански храм (ХV-ХХ в.) - безспорни доказателства за рядко срещана приемственост.
„Ески джамия" е призната за народна старина още през 1927 година. (ДВ, бр.221 от 1927 г.) През 1968 година е обявена за национален архитектурно-строителен паметник на културата от Античността и Средновековието (ДВ, бр.75 от 1968 г.), а през 1972 г. стенописите - за паметник на архитектурата и изобразителното изкуство от национално значение (ДВ, бр.94 от 1972 г.).
Статутът й на архитектурно-строителен паметник на културата с национално значение е препотвърден през 1975 година (ДВ, бр.22 от 1975 г.). През 2003 г. със заповед на директора на НИПК границите на средновековната християнска гробищна църква са определени като индивидуален археологически паметник на културата.
В средата на септември 2011 година премиерът Бойко Борисов и министърът на културата Вежди Рашидов откриха реставрираната Ески джамия в Стара Загора. Проектът за превръщането на мюсюлманския храм в Музей на религиите е на стойност 2,4 млн. лева. Проектът за консервацията, реставрацията и експонирането на Ески джамия и превръщането й в Музей на религиите бе изпълнен за 130 дни. Средствата са по ОП „Регионално развитие", а бенефициент е Министерството на културата.
„Реставрацията започна на 20 април, когато премиерът сравни джамията с българския Йерусалим. Това е нещо много по-ценно от Йерусалим. Причината е, че джамията се строи много по-късно върху много святи места. Първо тук е имало тракийско светилище, върху него е строена средновековна църква. Намерени са и катакомби, и некропол от 18 гроба", припомни Вежди Рашидов тогава.
